El doctorado supone la realización de una tesis. La tesis es una investigación inédita y original sobre un tema relacionado con el ideario de ULIA, conducida bajo un/a director/a de tesis. Los resultados de esta investigación se recogen en un documento escrito según el formato de la tradición académica de un máximo de 350.000 palabras.

Se otorgará el título de Doctor/a en Ciencias de la Vida por la tesis (título) del área (disciplina) pertinente. El programa de doctorado de ULIA dura dos años. Los requisitos de aceptación en el programa son:

- Estar en posesión de un título de Máster/Maestría dispensado por ULIA y ser aceptado por la dirección del programa de doctorado. Alternativamente:
- Estar en posesión de un título de Máster/Maestría por otra universidad y que haya sido aceptado como válido a los efectos de realización del doctorado por la dirección del programa en base al ideario de ULIA, no habiendo el candidato o candidata optado con anterioridad a realizar el doctorado en cualquier otra universidad. Alternativamente:
- Estar en posesión del título de doctor. Y además:
- El compromiso escrito de dedicar un mínimo de 24 horas semanales en exclusividad a la tesis durante los dos años que dura el programa con el objetivo de hacer entrega de la tesis dentro de ese plazo. Extraordinariamente se podrá solicitar prórroga de, como máximo, un año adicional.
- El compromiso escrito de asistir a los dos claustros de ULIA en el tiempo en que se realiza la investigación.

Para el desarrollo del proyecto de tesis se debe seguir el siguiente procedimiento:

- Propuesta de tema: el alumnado, una vez aceptado en el programa y antes de iniciar la investigación, debe proponer a la dirección del programa de doctorado un tema de su interés, que tenga relación con el ideario de ULIA. El tema debe de ser aceptado por la dirección del programa de doctorado.

- Propuesta de Director: el alumnado, una vez aceptado en el programa y antes de iniciar la investigación, debe proponer a la dirección del programa el nombre de un posible director o directora con el que previamente haya acordado los términos de su trabajo. Se puede elegir un profesor/a doctor de prestigio y mérito reconocido de cualquier país o universidad, que acepte el encargo. Debe contar con excelencia investigadora en el área elegida dentro de las ofertadas por ULIA y debe estar en sintonía con los planteamientos y el ideario de ULIA. El/a director/a debe ser aceptado por la dirección del programa.